WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

   Добро пожаловать!

Pages:     | 1 |   ...   | 19 | 20 || 22 | 23 |   ...   | 83 |

Изучение генетического разнообразия твердой пшеницы Triticum dicoccum (Shrank) по полиморфным сайтам интеграции ретротранспозонов Михайличенко Ольга Андреевна (Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Россия, Москва, o.mikh90@gmail.com) Пшеница вида Т. dicoccum (Shrank) относится к группе тетраплоидных (твердых) пшениц и является древнейшей культивируемой формой этой группы. Площадь посевов T.dicoccum составляет 1% от общей площади посевов пшеницы, однако несмотря на это данный вид распространен и культивируется во многих странах, среди которых Индия, Турция, Эфиопия и Россия. Изучение генетического разнообразия полбы (T. dicoccum) представляет интерес по нескольким причинам: во-первых, этот вид используется в пищу;

во-вторых, T. diccocum может служить источником ряда ценных аллелей генов, контролирующих хозяйственно важные признаки (например, размера зерна или устойчивости к патогенам) в скрещиваниях с другими видами твердой пшеницы.

Высокая активность мобильных генетических элементов, составляющих до 70% нуклеотидного состава генома T. dicoccum является одним из источников генетического разнообразия. Для его изучения в данной работе был применен метод SSAP (SequenceSpecific Amplification Polymorphism), основанный на анализе наличия/отсутствия инсерций ретротранспозонов.

Для данного исследования было отобрано 96 образцов тетраплоидной пшеницы T.

dicoccum из 27 стран мира. Был проведен SSAP-анализ, включающий в себя несколько последовательных этапов: расщепление тотальной ДНК эндонуклеазой рестрикции, лигирование с двуцепочечными адаптерами, двуэтапная амплификация фрагментов и их разделение в денатурирующем полиакриламидном геле. По результатам анализа полученных электрофореграмм произведена филогенетическая реконструкция с использованием программ PHYLIP и SplitsTree. Выявлен внутривидовой полиморфизм по наличию/отсутствию инсерций ретротранспозонов BARE-1 и Jeli; проведена оценка соответствия выявленных филогенетических групп занимаемым ареалам.

Данные по внутривидовому разнообразию полбы могут быть использованы на практике, при планировании скрещиваний. 23 из 96 проанализированных образцов принадлежали к различным областям России. Филогенетический анализ показал высокий уровень разнообразия российских пшениц вида T. dicoccum, что означает наличие потенциала для ведения селекционной работы с использованием данного вида.

Работа выполнена при финансовой поддержке подпрограммы «Генофонды и генетическое разнообразие» программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие».

Анализ Y-STR в Y-хромосоме у казахов Молдыбаева Бахытгуль Нурлановна (Евразийский национальный университет им. Л.Н. Гумилева, Факультет естественных наук, Казахстан, Астана, bahaenu.303@mail.ru) В настоящее время актуальным представляется детальное изучение генетической структуры различных этнических групп с целью выявления их особенностей. Одним из подходов к изучению структуры генофондов современных популяций и генетической истории их формирования является анализ гаплогрупп Y- хромосомы, составляемых на основании генотипирования ее нерекомбинирующей части с помощью набора ДНКмаркеров. Целью работы являлось изучение Y-STR в популяции этнических казахов.

Геномную ДНК выделяли из венозной крови с помощью набора Wizard® genomic DNA Purification Kit, Promega. Количество ДНК оценивали спектрофотометрически, а также с помощью электрофореза. Анализ фрагментов ДНК проводили с помощью набора для ПЦРамплификации AmpFlSTR®Yfiler™, представляющего собой тест-систему для исследования коротких тандемных повторов (STR), которая позволяет амплифицировать 17 локусов STR Y-хромосомы (DYS: 389I, 389II, 390, 456, 19, 385, 437, 438, 448, 391, 392, 393, 35, 458, 439, GATA H4) в одной реакции ПЦР. Флуоресцентно-меченные ампликоны разделяли в 16капилярном генетическом анализаторе 3130 xl Genetic Analyzer. Полученные данные обрабатывали с помощью программного обеспечения GeneМapper 4.0, статистический анализ проводили с помощью программы Arlequin 3.512, используя приложение AMOVA были высчитаны генетические расстояния Фst. Дискриминирующую способность высчитывали по формуле D=Ndiff/N, где Ndiff- это число различных генотипов популяций и N - размер популяции.

В результате анализа распределения аллелей 17 локусов нерекомбинирующей части Yхромосомы у 67 индивидов, представляющих этнических казахов из ВосточноКазахстанской области, Тарбагатайский район (с. Карасу, с. Кабанбай, с. Акжар) был определен цифровой код для каждого образца. Среди исследованных образцов было выявлено 27 (40%) различных генотипов. Нужно отметить, что у 41 человека был обнаружен одинаковый генотип. Полученные результаты сравнивали с мировой базой (http://www.yhrd.org) и с данными Biro et. al. (2009) по изучению популяции казахов из Тургайской области. Сравнительный анализ не выявил одинаковых гаплотипов.

Генетические расстояния между исследуемой популяцией и казахами из Тургайской области составили 0,63±0,07.

Автор выражает искреннюю благодарность научному руководителю к.б.н. Е. В.

Жолдыбаевой.

Полиморфизм гена STAT3 и долголетие Мустафина Регина Шамилевна (Учреждение Российской Академии наук Институт биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН, Россия, Уфа, remuscom@mail.ru) Одним из эффективных подходов к изучению молекулярно-генетических основ старения и долголетия является популяционный анализ распределения частот генотипов и аллелей полиморфных локусов генов в разных возрастных группах, включая стариков и долгожителей. Гены белков семейства STAT (signal transducers and activators of transcription) относят к генам-кандидатам старения и долголетия. STAT-белки, являясь членами JAKSTAT сигнального пути, вовлечены в регуляцию процессов (воспалительных, аутоиммунных, апоптических), которые играют существенную роль в старении как на клеточном, так и на организменном уровне. STAT3 способен стимулировать выработку провоспалительных цитокинов, блокировать апоптоз, регулировать баланс глюкозы в организме с помощью ингибирования активности генов, ответственных за синтез глюкозы печенью.

Цель проведенного исследования состояла в проверке гипотезы о возможной ассоциации полиморфизма гена STAT3 со старением и долголетием. В работе использованы образцы ДНК 1612 человек в возрасте 14-108 лет, жителей Республики Башкортостан, татар по этнической принадлежности. ДНК выделяли из аликвот цельной венозной крови методом фенольно-хлороформной экстракции; типирование по полиморфному локусу 19006G>C (rs2293152) гена STAT3 проводили с использованием метода полимеразной цепной реакции;

статистический анализ результатов исследования выполняли с помощью пакета программ SPSS (V. 13.0).

В результате проведенного исследования охарактеризовано распределение частот аллелей и генотипов по полиморфному локусу 19006G>C гена STAT3 в популяции татар;

частоты генотипов *G/*G, *G/*С и *C/*С составили 43.1%, 49.4% и 7.5%, аллелей *G и *С – 67.8 и 32.2% соответственно. С помощью логистического регрессионного анализа выявлена ассоциация генотипа *G/*С с возрастом в диапазоне 75-108 лет (OR=0.97 P=0.032), которая указывает на снижение шансов обнаружения этого генотипа с увеличением возраста в указанном возрастном диапазоне. Сравнение по частотам генотипов лиц старческого возраста (75–89 лет) и долгожителей (90–108 лет) показало, что среди долгожителей частота генотипа *G/*С понижена (53.2% и 41.8%, р0.01). Полученные данные подтверждают возможную роль полиморфизма гена STAT3 в достижении возраста долголетия.

Исследования поддержаны грантом РФФИ (№10-04-01614-а) Конвертирование RAPD маркера гена устойчивости к киле у капусты пекинской (Brassica rapa ssp. pekinensis (Lour.) Rupr.) в SCAR маркер Нгуен Мин Ли (Российский государственный аграрный университет им. К.А. Тимирязева, Россия, Мосвка, minhlyvn_21@yahoo.com) С целью повышения эффективности и ускорения процесса селекции на устойчивость к киле у капусты пекинской, на Селекционной станции и.м. Тимофеева проводится работа по поиску и разработке молекулярных маркеров генов устойчивости к киле капустных культур.

Был разработан один RAPD маркер – 394RAPD, сцепленный с геном устойчивости к киле у капусты пекинской в популяции ВС1, полученной от скрещивания устойчивой линии 202сс1 и восприимчивой линии ES-1. Частота рекомбинации между 394RAPD и геном устойчивости составляет 2.9сМ.

Для конвертирования 394RAPD маркера в SCAR маркер полиморфный фрагмент был вырезан из агарозного геля, клонирован и секвенирован. На основе известной последовательности фрагмента разработаны 4 праймер - комбинации, одна из которых после оптимизации условий амплификации была выделена в качестве SCAR маркера, обозначенного tau_cBrCR400. При амплификации с маркером tau_cBrCR400 были амплифицированы два фрагмента, и по одному фрагменту длиной 400 п.н.

дифференцировались устойчивые и восприимчивые растения. Также было установлено, что расщепление растений популяции ВС1 по маркеру полностью соответствуют первоначальному 394RAPD маркеру, исходя из этого была подтверждена эффективность данного маркера. Следует обратить внимание, что маркер tau_cBrCR400 имеет доминантный характер в комбинации 20-2сс1 х ES-1, однако, в комбинации ECD04 (репа) х Кит1-3с(капуста пекинская) маркер проявляет кодоминантный характер.

В дальнейшем исследовании было проведен анализ разработанных маркеров в различных устойчивых к киле линиях капусты пекинской коллекции Селекционной станции и.м. Тимофеева. Показано, что из двадцати двух устойчивых линий к киле фрагмент, сцепленный с геном устойчивости, амплифирован у семи линий. Такой результат можно объяснить тем, что в коллекции линий устойчивость к киле определяются несколькими генами устойчивости к киле, а разработанный маркер сцеплен только с одним из них. Таким образом, разработанный маркер имеет потенциал для применения в процессе селекции капусты пекинской на устойчивость к киле с наличием данного гена устойчивости и поиска маркеров других генов устойчивости.

Создание линий мягкой пшеницы с интрогрессиями генетического материала Aegilops speltoides Tausch с использованием молекулярно-цитологических подходов и оценка их устойчивости к бурой ржавчине (Puccinia triticina Erikss) Сусолкина Надежда Владимировна (Институт Цитологии и Генетики СО РАН, Россия, Новосибирск, pnv11@bionet.nsc.ru) Дикорастущие сородичи мягкой пшеницы и вид Aegilops speltoides Toush, в частности, являются источниками генов устойчивости к бурой ржавчине (Lr). На сегодняшний день известно более шестидесяти Lr-генов, пять из них: Lr28, Lr35, Lr36, Lr47 и Lr51, локализованные соответственно на хромосомах 4А, 2В, 6В, 7А и 1В мягкой пшеницы, получены от Ae. speltoides. Работы по выявлению новых генов устойчивости остаются актуальными, поскольку появление новых рас патогена происходит значительно быстрее, чем создаются устойчивые сорта.

В качестве исходного материала использовались растения двух интрогрессивных линий, устойчивых к бурой ржавчине: 73/00i и 81/00i, полученные от скрещивания Triticum aestivum L. сорта Родина (2n =42) и Ae. speltoides (2n =14) К-389, И.Ф. Лапочкиной (НИИСХ ЦРНЗ, Немчиновка).

По результатам флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) с использованием зондов pSc119.2 и Spelt1 и микросателлитного анализа установлено, что линия 73/00i имеет следующие интрогрессии: Т1SS·1BS-1BL, Т5BS-5BL·5SL и Т6BS-6BL·6SL. Линия 81/00i характеризуется транслокацией T1RS-1BL·1ВS, делецией в плече S хромосомы 6B и замещением хромосомы 7D на хромосому 7S Ae. speltoides.

Отбор линий с единичными интрогрессиями от Ae. speltoides проводился при помощи FISH из популяции растений, полученных от следующих комбинаций скрещивания:

73/00i Родина, 81/00i Родина (BC1F2) и 73/00i Новосибирская 29 (F3). Отобранные линии оценивались на устойчивость в полевых условиях по бальной шкале Майнса и Джексона.

Иммунными и высокоустойчивыми оказались линии с интрогрессией Т5BS-5BL·5SL – баллов, средней устойчивостью обладали линии с интрогрессией Т6BS-6BL·6SL – 2 балла (73/00i Родина; 73/00i Новосибирская 29). Среди линий, полученных на основе комбинации скрещивания 81/00i Родина, высокой устойчивостью обладали линии с замещением 7S(7D). Контрольные сорта мягкой пшеницы Родина и Новосибирская оказались сильновосприимчивыми – 4 балла.

Таким образом, установлено, что основной вклад в устойчивость к бурой ржавчине линий 73/00i и 81/00i определяется транслокацией Т5BS·5BL-5SL и замещением 7S(7D).

Филогенетический анализ кеты Oncorhynchus keta W. Дальнего Востока по маркерам митохондриальной ДНК Тетерина Анастасия Алексеевна (Лаборатория генетических проблем идентификации Института общей генетики РАН, Россия, Москва, teterina.anastasia@gmail.com) Oncorhynchus keta (Walbaum, 1792) – второй по численности вид тихоокеанских лососей после горбуши на азиатской части ареала. Для решения теоретических проблем популяционной организации вида и прикладных задач генетической идентификации и сертификации стад лососей важно знать наследственное своеобразие популяций.

Реконструкция генных генеалогий тихоокеанских лососей представляет большой интерес, поскольку этот подход позволяет раскрыть внутривидовую генетическую подразделенность, являющуюся результатом исторических событий, предшествующих формированию современной популяционной структуры. Всего была исследована 21 выборка с Камчатки, о.

Сахалин, о. Кунашир и о. Итуруп. Определение гаплотипов проводилось с помощью метода CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences) по двум фрагментам митохондриальной ДНК: ND3\ND4L\ND4 и COI\COIII\A8. На основе полученных данных оценивалось нуклеотидное () и гаплотипическое (h) разнообразие по методу Нея, с помощью генетических расстояний строилось бескорневое дерево по методу Neighbour-Joining, а также медианные филогенетические сети. По результатам исследования показано, что наибольшее гаплотипическое и нуклеотидное разнообразие наблюдается на о. Итуруп (h=0.94). Однако, популяции Курильских островов менее подразделены, чем популяции о.

Сахалин и Камчатки. Также было показано, что в заводских популяциях о. Сахалин наименьшее гаплотипическое разнообразие (h=0.84) и высокая подразделенность популяций по сравнению со всем азиатским ареалом кеты, некоторые популяции кеты Сахалина можно назвать изолированными. Звездообразная топология дерева нуклеотидной дивергенции указывает на экспоненциальное увеличение численности кеты в недавнем прошлом.

Pages:     | 1 |   ...   | 19 | 20 || 22 | 23 |   ...   | 83 |



© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.