WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

   Добро пожаловать!

Pages:     | 1 |   ...   | 18 | 19 || 21 | 22 |   ...   | 83 |

Як (Bos grunniens) относится к отряду Artiodactyla, семейство Bovidae, род Bos. Местами одомашнивания яка считаются Тибет, Северный Китай и Монголия. В наши исследования были отобраны популяции яков из Тувы (n=5), Монголии: Хусбугул(n=5), Гоби(n=5) и Алтая(n=7). Изучен молекулярно-генетический полиморфизм мтДНК. Для построения филогенетических деревьев также были взяты нуклеотидные последовательности из GenBank: 13 диких яка и один Bison как внешняя группа. Был отсеквенирован гипервариабельный район Д-петли мтДНК размером 570bp. Гаплоидная ДНК митохондрий проявляет материнский характер наследования, не рекомбинирует и имеет высокую скорость мутации, поэтому является хорошим инструментом в исследованиях филогенетики.

На основании оценок распределения мутаций в мтДНК была проведена реконструкция эволюционных взаимосвязей внутри вида Bos grunniens и построено филогенетическое дерево дистанционно–матричным методом связывания ближайших соседей программой MEGA5. Оценка надежности дерева и его ветвей было основано на методе бутстрэп-анализа.

Программой DNA Polymorphism были получены данные о числе полиморфных сайтов в последовательности (S=39), число гаплотипов нашей выборки (h=12) и нуклеотидное разнообразие (Pi=0.02144).

По результатам ранних исследований было показано, что домашние яки группируются на две материнские линии со временем их расхождения > 100 000 лет, а также что все домашние яки получены из генофонда одной дикой популяции. Наши исследования подтверждают данные о двух линиях мтДНК яков, которые присутствуют во всех изученных популяциях. Популяции Алтая и Тувы, несмотря на значительное сокращение их численности, сохранили заметные генетическое разнообразие и по этому показателю не находятся в угрожаемом состоянии.

Создание модельной системы на примере Arabidopsis thaliana для изучения явления соматической сегрегации Зимина Ольга Владимировна, Сытник Е. С., Парий М.Ф.

(Национальный университет биоресурсов и природопользования Украины, Украина, Киев, s-kat@yandex.ru) В середине ХХ века было выявлено, что у многих видов растений в соматических клетках при определенных условиях (например, воздействие аланином, кофеином) во время деления происходит расхождение гомологичных хромосом, а не хроматид, как в норме у митотически делящихся клеток. Данное явление было названо соматической сегрегацией (соматической редукцией, погеномной сегрегацией). В работах Yihua (2001) и Ronchi (1992) была обнаружена взаимосвязь между формированием соматических эмбриоидов и соматической редукцией у арабидопсиса и моркови. Несмотря на многочисленные цитогенетические исследования, до сих пор неизвестны причины и механизмы явления соматической редукции, неясно, происходит ли гомологическая рекомбинация, существуют ли закономерности распределения материнского и отцовского геномов между дочерними клетками, какой уровень плоидности образовавшихся клеток, и какова судьба этих клеток в дальнейшем.

В попытках найти ответы на часть из поставленных вопросов мы разработали модельную систему для визуализации поведения гомологичных хромосом и изучения генетических последствий данного явления – гибрид Arabidopsis thaliana между экотипами Columbia и Landsberg erecta с парой гомологичных хромосом, маркированных трансгенами.

Для внесения маркеров Columbia был трансформирован конструкцией, содержащей селективный ген устойчивости к канамицину (nptII) и репортерный ген gusА. Для Landsberg erecta были использованы гены устойчивости к фосфинотрицину (bar) и gfp. Локализацию трансгенов выявляли с помощью Tail-PCR.

В наших экспериментах эмбриоиды получали из корневых эксплантов и апикальных меристем побегов арабидопсиса. Созданный модельный гибрид используется для изучения соматической редукции при формировании соматических эмбриоидов, а также в колониях протопластов, культивируемых с добавлением индукторов соматической редукции.

Наследование признаков у растений-регенерантов предполагается изучать с помощью ДНКмаркеров и наблюдения за экспрессией репортерных генов.

Изучение явления соматической редукции с помощью предложенной системы позволит не только ответить на ряд фундаментальных вопросов, изложенных выше, но и оценить возможность применения данного явления для осуществления обратной селекции (reverse breeding).

Функциональный анализ структурных и регуляторных генов, предположительно контролирующих гомеостаз железа у цианобактерии Synechocystis sp. PCC Клепикова Анна Владимировна (Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, Россия, Москва, annklepikova@mail.ru) Ионы железа в роли кофакторов фундаментальных биологических процессов, таких как фотосинтез, клеточное дыхание и метаболизм супероксидов, необходимы для жизнедеятельности всех организмов, включая растения и бактерии. Однако, несмотря на изобилие железа в окружающей среде, его биологическая доступность существенно ограничена в аэробных условиях, поскольку в окисленном состоянии оно находится в трудно растворимых соединениях.

В связи с жизненно важной потребностью в ионах железа и существенными ограничениями в их доступности, значительная часть геномов аэробных организмов участвует в контроле поглощения железа из окружающей среды. В геноме цианобактерии Synechocystis sp. PCC 6803 идентифицировано 15 генов, предположительно связанных с контролем гомеостаза ионов железа. Поглощение и депонирование железа внутри клетки регулируется различными системами, к которым относятся репрессор транскрипции Fur, сигма-факторы семейства RpoD (70) и регуляторы семейства AraC/XylS.

Семейство AraC/XylS является одним из основных семейств позитивных регуляторов экспрессии генов у бактерий. Биоинформатическими методами в геноме Synechocystis выявлены три гена – sll1205, sll1408, slr1489, предположительно являющихся регуляторами семейства AraC/XylS. Для исследования их роли в регуляции транспорта железа были получены одиночные мутанты sll1205, sll1408 и slr1489 с инсерционной инактивацией соответствующих генов, на основе которых были созданы двойные мутанты sll1205/sll1408, sll1205/slr1489 и sll1408/slr1489.

С помощью метода ОТ и ПЦР в реальном времени были определены уровни экспрессии генов, вовлеченных в контроль транспорта железа, у клеток, выращенных в условиях среды с нормальным содержанием химических элементов и в среде, лишенной железа. В результате данного исследования были выявлены гены (slr1406, slr1405, slr1404, sll1407, находятся в опероне), экспрессия которых возрастает в условиях голодания по железу, что указывает на возможную вовлеченность данных генов в контроль поглощения ионов железа.

Изменения экспрессии исследуемых генов при инактивации генов-регуляторов семейства AraC/XylS выявлено не было, что указывает на отсутствие регуляции данных генов со стороны этих регуляторов.

Молекулярно-генетическое изучение аллеля Wx-B1е у мягкой пшеницы Климушина Марина Вячеславовна (Российский Государственный Аграрный Университет им. К.А. Тимирязева, Центр молекулярной биотехнологии, Россия, Москва, mklimushina@yandex.ru) Крахмал является основным компонентом зерновки пшеницы и состоит из амилозы и амилопектина. Ключевым ферментом, обеспечивающим биосинтез амилозы, является GBSSI. Геном мягкой пшеницы несет три гомологичных гена, получивших название Waxy, кодирующих изоформы GBSSI. Мутации Waxy-генов влияют на количество амилозы и, соответственно, на физико-химические и функциональные свойства крахмала. Пшеница с нефункциональными Waxy-генами (нуль-аллелями) обладает перспективой использования по ряду важных направлений. Идентификация аллелей различного типа осуществляется с помощью SDS-электрофореза белков или ПЦР-анализа. Недавно был выявлен новый аллельный вариант Waxy-гена – Wx-B1e, при амплификации с которого, один из молекулярных маркеров, давал ложноположительные результаты наличия в геноме нульаллеля. Целью нашей работы было молекулярно-генетическое изучение данного аллеля и вариантов амплификации на нем различных молекулярных маркеров. Работа проводилась на сорте мягкой пшеницы Коротышка методами ПЦР-анализа, SDS-электрофореза белков и секвенирования. Нами был клонирован и секвенирован фрагмент размером 804 п.о. аллеля Wx-B1e, полностью перекрывающий место посадки всех молекулярных маркеров на аллельное состояние гена Wx-B. При сравнении с сиквенсом аллеля мягкой пшеницы дикого типа (Wx-B1а) было выявлено, что изучаемый аллель несет инсерцию в 34 п.н., делецию в пар нуклеотидов и 23 нуклеотидные замены. Но при этом различие по аминокислотной последовательности между аллелем Wx-B1е и аллелем дикого типа Wx-B1а составляет всего четыре аминокислотные замены. При анализе белков, находящихся в крахмале двадцатидневных зерновок, было выявлено, что у сорта Коротышка GBSSI белок, кодируемый Wx-B1 геном, имеет несколько меньшую подвижность по сравнению с диким типом, на уровне Wx-D1a аллеля. При изучении амплификации молекулярных маркеров на аллеле Wx-B1e, было установлено, что при амплификации с праймерами, предложенными Мак-Лошленом с соавторами и Накамурой с соавторами не удается отличить нуль-аллель от аллеля Wx-B1е. Молекулярный маркер, разработанный Саито с соавторами, затрудняет идентификацию аллеля Wx-B1е и аллеля дикого типа, хотя при этом очень четко позволяет идентифицировать нуль-аллель. Наиболее подходящим маркером, позволяющим отличить все три аллеля (Wx-B1b, Wx-B1е и Wx-B1а), является маркер, разработанный Ванцетти с соавторами.

Исследование экспрессии и функции гена Grp, гомолога гена gag ДКПретротранспозона gypsy у Drosophila melanogaster Кузьмин Илья Владимирович, Шнырева А.А.

(Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, РФ, г. Москва, kuzmin.ilya@gmail.com) В ходе эволюционных процессов отдельные гены ретротранспозонов могут подвергаться процессу молекулярной доместикации, то есть использоваться организмомхозяином под свои нужды. Так, в нашей лаборатории ранее было обнаружено, что в геноме D. melanogaster находится ген Grp, гомологичный гену gag ретротранспозона gypsy, но функции данного гена неизвестны. Биоинформатический анализ аминокислотной последовательности продукта гена Grp показал, что у гипотетического белка имеется трансмембранный домен и РНК-связывающий домен на C-конце.

Мы клонировали полноразмерный ген Grp из геномной ДНК дрозофилы, а также его фрагменты, соответствующие N-концевой части белка до предсказанного трансмембранного домена и C-концевой части, в составе плазмиды pET30a. При экспрессии молекулярных конструкций в клетках E. coli был получен полноразмерный рекомбинантный белок и два его фрагмента – C-концевой (GrpC) и N-концевой (GrpN). Наличие белка Grp у D.

melanogaster исследовали методом вестерн-блот гибридизации, а взаимодействие белков Grp, GrpN и GrpC с тотальной РНК D. melanogaster изучали посредством гель-шифт анализа (EMSA).

Вестерн-блот гибридизация экстракта белков взрослых мух с антителами кролика, полученными к рекомбинантному Grp показалa, что у имаго дрозофилы экспрессируется белок Grp. В качестве положительного контроля использовали рекомбинантный белок GrpN.

Для проверки гипотезы о наличии РНК-связывающего домена на C-конце белка Grp была поставлена реакция взаимодействия рекомбинантных белков GrpC, Grp и GrpN с тотальной РНК, выделенной из взрослых особей D. melanogaster. По полученной картине распределения РНК было сделано предположение, что N-конец белка Grp не участвует во взаимодействии с РНК. В пробах с белком GrpC рисунок распределения РНК отличался от контрольного. По-видимому, С-конец белка гена Grp обладает РНК-связывающей функцией.

У полноразмерного Grp также наблюдалось взаимодействие с РНК.

Таким образом, показано, что ген Grp экспрессируется на уровне трансляции в тканях взрослых мух. Ранее было показано, что транскрипция гена Grp происходит преимущественно в тканях кишки, поэтому важно изучить экспрессию гена Grp в разных тканях D. melanogaster на уровне трансляции. Планируется выделить и изучить специфичную РНК, связывающуюся с Grp.

Генотипы полиморфных локусов гена IL1B у людей с патологиями желудочнокишечного тракта Кулмамбетова Гульмира Нигметжановна, Сукашев А. Т., Логвиненко А. А., Кожахметов С.С.

(РГП «Национальный центр биотехнологии»,Национальный научный медицинский центр, Республика Казахстан, г.Астана, gulmirakn@gmail.com) Различия в протекании и развитии различных патологий желудочно-кишечного тракта у людей связаны с особенностями иммунного ответа индивидов на инфекцию Helicobacter pylori. Уровень продуцируемости провоспалительного цитокина интерлейкина 1 бета зависит от замены одного нуклеотида в полиморфных локусах гена ((IL-1-511C>T) и -(IL-1-31T>C)), что влияет на транскрипционную активность при синтезе цитокина.

Целью работы было выяснение особенностей полиморфных локусов гена IL1B у больных гастритом, язвенной болезнью желудка (ЯБЖ) и двенадцатиперстной кишки (ЯБДК) в г. Астане.

Обследовалось 146 пациентов Национального научного медицинского центра, в возрасте от 13 до 86 лет (средний возраст 42,6, соотношение мужчин/женщин = 74/72), контрольной группой являлись люди, в анамнезе которых диагноз патологий желудочно-кишечного тракта отсутствовал. Для определения полиморфизмов экстрагированную с помощью «DNA Purification Kit, Promega» ДНК амплифицировали, расшифровывали нуклеотидную последовательность амплифицированных фрагментов (ABI 3730xl, Applied Biosystems), данные анализировали в программном обеспечении SeqScape v.2.6.

В результате проведённых исследований было установлено, что слизистая оболочка желудка 66,6% обследованных больных ЯБЖ и ЯБДК инфицирована H.pylori. Обнаружено, что генотипы IL-1 -511*С/*Т, IL-1 -31*Т/*С (57%) ассоциированы с риском развития язвенной болезни при инфицировании СОЖ H.pylori, тогда как IL-1 -511*С/*С, IL-1 31*Т/*Т (21%) определяют устойчивость к развитию язвенной болезни, ассоциированной с H.pylori.

У носителей аллели IL-1B-511 и генотипа IL-1B-511*С/*Т повышен риск развития язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, ассоциированной с H.pylori, а у носителей аллели IL-1B-511*С и генотипа IL-1В-511 *С/*С, напротив, снижена вероятность формирования заболевания.

Pages:     | 1 |   ...   | 18 | 19 || 21 | 22 |   ...   | 83 |



© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.