WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

   Добро пожаловать!

Pages:     | 1 |   ...   | 51 | 52 || 54 | 55 |   ...   | 85 |

С помощью техники атомно-силовой микроскопии (АСМ), а также избирательного флуоресцентного окрашивания бактерий с различной жизнеспособностью мы показали, что индуцированный L-аргинином синтез NO не оказывает влияние на жизнеспособность бактерий, но специфически изменяет морфо-физиологическое состояние поверхности бактериальных клеток, существенным образом сглаживая её. Последнее можно рассматривать как индукцию образования S-слоя, участвующего в адгезии лактобацилл на эпителии кишечника. Исследуемые лактобациллы демонстрировали значительную адгезивную активность в экспериментах с линией клеток аденокарциномы толстого отдела кишечника человека Caco-2. Существенно, что адгезивными качествами характеризуются только жизнеспособные бактерии, тогда как мертвые лактобациллы утрачивают способность к адгезии на клетках Caco-2. Оценили эффекты донора NO нитропруссида натрия, скавенждера (поглотителя) NO cPTIO и субстрата NOS L-аргинина на способность бактерий Lactobacillus plantarum формировать биопленки. Хотя методом АСМ было обнаружено изменение структуры поверхности лактобацилл под действием NO, в тесте на образование биопленок влияние указанных веществ на адгезивные свойства бактерий не выявлено.

Представленные результаты являются первыми свидетельствами участия оксида азота в пробиотической активности бактерий и открывают перспективы направленного исследования биологической роли NO, продуцируемого комменсальными кишечными лактобациллами, как для продуцентов, так и для организмов человека и животных.

Работа выполнена при поддержке РФФИ (гранты №07-04-01051, №09-04-97032) и «Михаил Ломоносов» DAAD и Министерства образования и науки РФ (А/06/91824;

A/08/72787). Авторы выражают благодарность К.Бойерляйну (Институт фармакологии им. Рудольфа Буххайма, г.Гиссен, Германия) за помощь в проведении флуоресцентной микроскопии.

Анализ антагонистических свойств бактерий-деструкторов хлорфеноксиуксусных кислот Ясаков Т.Р., Коробов В.В., Жарикова Н.В., Мавлявиева Р.Р., Анисимова Л.Г.

(Уфа, yasakovt@gmail.com) Известно, что в смешанных консорциумах микроорганизмов часто наблюдается избирательное подавление членов сообщества за счет разнообразных химических соединений. Доказана высокая специфичность воздействия антибиотиков по отношению к организмам-мишеням. Способность выделять в среду антибиотики является важным конкурентным преимуществом микробов. Понимание антагонистических отношений является необходимым условием применения бактерий в практических целях.

Целью настоящего исследования являлось изучение антагонистических свойств штаммовдеструкторов хлорфеноксиуксусных кислот. Объектами исследований являлись штаммы бактерий, выделенные из образцов смешанных популяций микроорганизмов почв Уфимского промузла. Типирование штаммов проведено по результатам сравнения последовательностей 16S рДНК, а также прямого бактериального профилирования, базирующегося на применении MALDI масс-спектрометрии с последующим анализом данных в рамках программного пакета Biotyper 2.0. Согласно используемых технологий исследуемые штаммы были идентифицированы как Bacillus subtilis 16S, Brenneria salcis 38Ph, Stenotrophomonas sp. 33T и Pseudomonas kilonensis 34T.

Тестирование активности штаммов проводилось на твердой агаризированной питательной среде методом перпендикулярных штрихов. При этом каждый бактериальный штамм выступал последовательно в качестве микроорганизма-продуцента и тест-организма.

Бактериальные штаммы-продуценты инкубировались при температуре +30°С в течение двух суток для достоверного накопления антибиотика в среде. После этого к ним подсевали тесторганизмы. Об антибиотической активности судили по наличию или отсутствию роста тесторганизма после суток культивирования.

В ходе работы было показано, что штамм Bacillus subtilis 16S не обладает антагонистической активностью по отношению к штамму Stenotrophomonas sp. 33T и имеет выраженную антагонистическую активность в отношении штаммов Brenneria salcis 38Ph и Pseudomonas kilonensis 34T. В то же время штаммы Brenneria salcis 38Ph, Pseudomonas kilonensis 34T и Stenotrophomonas sp. 33T не имеют выраженной антагонистической активности как по отношению друг к другу, так и по отношению к штамму Bacillus subtilis 16S. Результаты работы указывают на то, что штаммы Brenneria salcis 38Ph, Pseudomonas kilonensis 34T и Stenotrophomonas sp. 33T как организмы, не имеющие антагонистических взаимоотношений, могут быть использованы в создании специального консорциума микробов для деструкции хлорфеноксиуксусных кислот.

Работа выполнена при содействии грантов Программы Президиума РАН «Поддержка молодых учёных», У.М.Н.И.К. и программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Биоразнообразие и динамика генофондов».

ПОДСЕКЦИЯ «МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ» Characterization of a Novel Transcript from Human Locus ATP4A-HAUS5 (chr19) Vanichkina Darya Pavlovna (Moscow, Darya.Vanichkina@mail.bio.msu.ru) One of the main goals of molecular biology is to shed light on the organization and function of the genomes of higher organisms. Determining the genome sequence per se is but the first step of such an undertaking, and does not provide information on the function of different genes and the regulation of their expression. As a result of the ENCODE pilot project, in which 1% of the human genome was characterized, it was discovered that 93% of DNA is transcribed, but less than 2% encodes proteins, the rest being expressed as non-coding RNA. Numerous ncRNA have been shown to play important roles in genome function, underlying such processes as transcriptional and post-transcriptional gene silencing (via sequence-specific epigenetic mechanisms), X-chromosome dosage compensation, hybrid dysgenesis, reprogramming of germ cells etc.

At the Laboratory of Structure and Function of Human Genes there is an ongoing effort to create an integral map of the regulatory regions of the FXYD5-TZFP locus on chromosome 19, a megabase-long genomic region. As part of these studies, it was shown that there is a segment of open chromatin with hypomethylated DNA between the ATP4A and HAUS5 genes. However, no evidence of transcription existed.

In this study, the transcriptional activity of this locus was evaluated, and a novel, previously uncharacterized human RNA was found. Using SMART Step-Out RACE its 5' and 3' termini were determined, and a panel of human cell lines and tissues was used to evaluate its tissue-specific expression. The RNA is transcribed from a 24 kilobase long region of chromosome 19, located between the TMEM147 and HAUS5 genes. The transcript (Genbank Accession Number GU595397) is 497 base pairs long, polyadenylated, and consists of three spliced fragments: the 5' terminal fragment, 72 bp long, maps to one of the introns of the ATP4A gene; the central fragment, 318 bp long and mapping approximately 18 kbp downstream, contains regions, homologous to rRNA and tRNALys; and the 3' terminal, located another 6 kbp away, contains a region homologous to the LINE L1. Bioinformatic analysis revealed that this RNA does not encode for proteins, i.e.

belongs to the lncRNA group. An assessment of possible folding patterns was carried out using the Mfold algorithm, and the conservation of the queried locus among primates was evaluated.

Our study demonstrates a correlation between the epigenetic state of the probed locus and its transcriptional activity, and unravels a novel tissue-specific human non-coding RNA, which contains extensive regions of homology to repetitive sequences in the Homo sapiens genome.

This study was carried out under the supervision of Dr. Tatyana L. Azhikina, at the Laboratory of the Structure and Function of Human Genes, Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences.

Рибосомальных белки S12 и P0 и их внерибосомальные функии по контролю клеточного деления и дифференцировки Аверков Владимир Станиславович (Украина, Харьков, kontemerling@gmail.com) Многие рибосомальные белки обладают внерибосомальными функциями, в том числе они могут контролировать клеточную пролиферацию и специализацию клеток. Экспрессия человеческого рибосомального L13a запускает в клетках апоптоз. У дрожжей Lостанавливает клеточный цикл в фазе G1 и также заставляет клетку гибнуть.

В ходе нашей работы мы проверяем воздействие экспрессии различных человеческих генов на ход развития глаза Drosophila melanogaster. Образование данного органа происходит в результате комплексного взаимодействия множества механизмов, контролирующих клеточный цикл, деление и дифференцировку клеток, что делает этот процесс чувствительным объектом изучения молекулярных механизмов развития. Гены, экспрессия которых нарушает формирование глаза, могут схожим образом нарушить нормальное деление клеток во взрослой ткани. То есть, это потенциальные протоонкогены.

Чтобы запустить синтез человеческих белков в глазе D. melanogaster, мы встраиваем в геном мушки гены из библиотеки кДНК, выделенной из раковой опухоли молочной железы человека.

Как оказалось, экспрессия человеческих рибосомальных белков S12 и P0 вызывает устойчивый в поколениях мутантный фенотип мушиного глаза. Этот мутантный фенотип указывает, что белки S12 и P0 нарушают нормальное деление и дифференцировку клеток.

Таким образом, наши результаты идентифицируют гены RPS12 (40S ribosomal protein S12) и RPLP0 (ribosomal protein, large, P0) как потенциальныe протоонкогены.

Участие белков RPS12 и RPLP0 в процессах контроля клеточного деления и дифференцировки ранее уже было показано на человеческих раковых перерождениях.

S12 описан как один из маркеров ранних стадий развития карциномы шейки матки, повышенная экспрессия P0 присутствует в карциномах печени и прямой кишки. Полученные нами линии D. melanogaster, экспрессирующие данные гены – удобные модели для дальнейшего изучения внерибисомальных функций S12 и P0 и нарушений, которые эти белки могут вызвать в клетке. Важно в данной связи упомянуть, что фенотипическое проявление суперэкспрессии P0 и S12 в глазу мушки различно. Суперэкспрессия Pприводит к типичной «рыхлости» глаза, тогда как экспрессия S12 вызывает «зеркализацию» глаза – более редкий фенотип, происходящий из молекулярных дефектов иного типа.

Проводимый на данный момент анализ микроструктуры этих дефектных глаз позволит определить молекулярные механизмы, на которые влияет экспрессия белков P0 и S12.

Не всякий человеческий рибосомальный белок при суперэкспрессии в глазу дрозофилы приводит к дефектам развития. Например, экспрессия человеческого S23 не вызывает мутантных фенотипов, это позволяет предположить, что S23 не участвует во внутриклеточной сигнализации. Также анализ литературы показал, что данный белок не описан как протоонкоген. Я благодарен моему научному руководителю Владимиру Катанаеву за возможность выполнения этой работы в исследовательской группе Генетики развития Института белка РАН.

Молекулярные механизмы регуляции соматического гипермутирования иммуноглобулиновых генов Благодатский Артем Сергеевич (Пущино, bswin2000@gmail.com) Генерация разноообразия иммуноглобулиновых генов была одной из фундаментальных проблем как иммунологии, так и молекулярной генетики на протяжении последних нескольких десятилетий. За эти десятилетия часть процессов, уникальных для генов антител, была детально изучена, однако, ряд явлений, связанных с тонкой «настройкой» работы генов, отвечающих за иммунитет, остаётся загадкой и сейчас. К таким процессам соматическое гипермутирование иммуноглобулиновых генов. Это уникальное явление, воспроизводящее в ускоренном темпе процесс эволюции и направленного отбора для популяции В-лимфоцитов отдельно взятого организма. Исследование соматического гипермутирования помимо расширения области знаний о генетике иммуноглобулинов, поможет применить механизмы используемой организмами позвоночных «молекулярной эволюции» в области биотехнологии, а также понять природу связанного с аберрантным гипермутированием канцерогенеза.

Целью настоящей работы являлся поиск и характеристика цис-действующих элементов, контролирующих соматическое гипермутирование. Нами была создана репортерная конструкция на основе зелёного флуоресцентного белка, позволяющая количественно оценивать интенсивность соматического гипермутирования на модели линии куриных В-лимфоцитов DT40. В ходе экспериментов по делециям и инсерциям последовательностей локуса легкой цепи иммуноглобулинов курицы нами охарактеризована цис-действующая последовательность ДНК, необходимая и достаточная для индукции соматического гипермутирования в любом геномном локусе.Эту последовательность размером 9,8 тыс.п.о.

мы назвали элементом DIVAC от англ. «активатор диверсификации». Центральная последовательность элемента DIVAC, размером 4 тыс. п.о., способна активировать гипермутирование с интенсивностью более чем в 100 раз выше фонового уровня;

фланкирующие регионы обладают на порядки меньшей активностью сами по себе, но способны стимулировать гипермутирование, будучи объединены с центральным участком.

Элемент DIVAC способен действовать, находясь по обе стороны от репортерной конструкции и на достаточно больших расстояниях.

Экспрессия метилтрансферазы клостеровируса желтухи свёклы в растениях Nicotiana benthamiana, инокулированных вектором на основе тобамовирусного генома Богословская Анна Дмитриевна (Москва, ann19876@yandex.ru) Вирус желтухи свёклы (beet yellows virus, BYV), представитель семейства Closteroviridae, имеет (+)РНК геном (15,5 тыс. нт), в 5'-концевой части которого расположены гены 1a и 1b, продукты которых выполняют репликативные функции. В гене 1a закодированы консервативные домены папаин-подобной протеиназы, метилтрансферазы (MTR) и NTPазы/РНК хеликазы, в гене 1b – домен РНК-полимеразы. Клостеровирусная инфекция сопровождается преобразованием мембран заражённой клетки и формированием мультивезикулярных комплексов (MVC), служащих сайтами вирусной репликации.

MVC индуцируются репликативными белками 1а и 1b. Определенную роль в этом процессе может играть метилтрансфераза BYV, которая содержит потенциальный трансмембранный субдомен и, возможно, способна встраиваться в клеточные мембраны. Однако молекулярные механизмы взаимодействия клостеровируса и клетки изучены мало, и их выяснение представляет существенный интерес.

Целью настоящей работы является изучение взаимодействия MTR BYV (и её фрагментов) с клеточными мембранами, идентификация субклеточных органелл, являющихся специфической «мишенью» вирусного белка, а также способности MTR BYV вызывать индукцию клостеровирусных MVC.

Pages:     | 1 |   ...   | 51 | 52 || 54 | 55 |   ...   | 85 |



© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.