WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

   Добро пожаловать!

Pages:     | 1 |   ...   | 21 | 22 || 24 | 25 |   ...   | 85 |

Изменение условий выделения древней ДНК, применение полногеномной амплификации (WGA) и стратегии вложенных праймеров позволили нам выделить и генотипировать образцов древней ДНК Capreolus pygargus из 2-11 слоев раскопа и 2 образца представителей семейства Ursidae (Ursus arctos, U. (Spelaearctos) rossicus – 4, 11 слои соответственно). Для получения гаплотипов современной косули сибирской, мы также выделили ДНК и генотипировали 33 современные косули Алтая, Новосибирской области, Тянь-Шаня и Якутии.

Филогенетический анализ последовательности нуклеотидов контрольного района (КР) мтДНК длиной 629 п.н. древних и современных сибирских косуль показывает, что на территории Алтая произошла смена популяций, по времени соотносящаяся с последним оледенением. Гаплотипы образцов, принадлежащих к плейстоцену наиболее близки к современным дальневосточным и якутским, к голоцену – курганским и новосибирским. В современной алтайской популяции C. pygargus следует отметить высокую гетерогенность гаплотипов. Для древних представителей семейства Ursidae Денисовой пещеры и современных видов получено филогенетическое древо по последовательности КР мтДНК длиной 403 п.н. Малый пещерный медведь имеет общего предка с бурым, гималайским, белым медведями и значительно отличается от пещерного медведя, изучаемого в Европе.

В настоящее время генотипирование древних медведей продолжается.

Автор выражает глубокую признательность научному руководителю к.б.н.

Н.В. Воробьевой Миграция носителей андроновской культуры в лесостепную зону Западной Сибири по данным анализа мтДНК (вторая половина II тысячелетия до н.э.) Журавлёв А.А., Пилипенко А.С., Трапезов Р.О. (Новосибирск, tos3550@mail.ru) Согласно археологическим данным одним из основных факторов, определявших характер этнокультурных процессов на территории степной и лесостепной зон Евразии от Урала до Енисея в середине – второй половине II тыс. до н.э. было расселение носителей андроновской культурной общности. Различные группы андроновского населения оказали влияние на формирование этнокультурных групп эпохи развитой и поздней бронзы Средней Азии, Западной Сибири, Переднего Востока.

Проникновение носителей федоровского варианта андроновской культуры в лесостепной пояс западной Сибири датируется археологами не позднее XIII в. до н.э. На территории Барабинской лесостепи (в междуречье Оби и Иртыша) федоровское население сосуществует с представителями позднего этапа аборигенной кротовской культуры. На уровне материальной культуры происходит постепенное смешение позднекротовских черт с федоровскими. В эпоху поздней бронзы в Западной Сибири под влиянием андроновцев формируется круг андроноидных культур.

В настоящей работе мы попытались оценить характер генетических взаимоотношений между пришлым федоровским и аборигенным позднекротовским населением Барабы, а также их влияние на последующие этнокультурные процессы в регионе. С этой целью мы исследовали гаплотипическое разнообразие в сериях образцов митохондриальной ДНК (мтДНК) от представителей федоровской и позднекротовской групп из могильников Барабы (численностью по 20 образцов) и сопоставили полученные результаты с сериями от предшествовавших групп населения Барабы (эпохи неолита, энеолита и ранней бронзы) и андроноидного населения региона эпохи поздней бронзы. Структуру образцов мтДНК оценивали по последовательности I гипервариабельного сегмента контрольного района мтДНК.

В генофонде федоровского населения выявлены гаплогруппы как западно-евразийского (T,U5), так и восточно-евразийского (A,C) кластеров мтДНК. Показано сходство состава серий мтДНК федоровского с позднекротовским населением и присутствие в федоровской серии вариантов мтДНК, характерных для автохтонного населения Барабы. Следовательно, нами зафиксированы признаки генетического влияния аборигенов на мигрантное население.

Новый компонент мтДНК, отличающий федоровцев и позднекротовцев от более ранних групп населения Барабы представлен линиями гаплогруппы T. По-видимому, они были привнесены в регион федоровцами и могут рассматриваться как маркер этой миграционной волны. Данное предположение подтверждается присутствием линий гаплогруппы T с высокой частотой в андроновских сериях в сопредельных с Барабой территориях. Кроме того, линии гаплогруппы T выявлены среди носителей культур андроноидного круга из памятников Барабы. Таким образом, миграция федоровского населения на территорию Барабы, с большой вероятностью, сопровождалась взаимными генетическими контактами по женской линии с аборигенным населением.

Работа поддержана грантом РФФИ № 09-06-00357-а.

Влияние ретроэлементов семейства SVA на экспрессию генов человека Клебанов Фёдор Алексеевич (Москва, fkleb@mail.ru) Ретроэлементы (RE) – мобильные элементы генома, увеличивающие число своих копий при помощи процесса обратной транскрипции, который осуществляется белком обратная транскриптаза. В настоящее время полагают, что мобильные элементы оказывали значительное влияние на эволюцию эукариотических геномов.

Геном человека на ~40% состоит из RE. Семейство мобильных элементов SVA – самое молодое из RE приматов, возникшее около 25 млн. лет назад в геноме общего предка человека и шимпанзе. В процессе видообразования человека в результате транспозиций появились человек-специфичные вставки SVA (hs-SVA), многие из которых полиморфны.

Большинство hs-SVA являются дефектными, однако некоторые копии до сих пор сохранили свою транспозиционную активность.

Консенсусная последовательность SVA несёт сигнал полиаденилирования (AATAAA), участвующий в терминации транскрипции генов. По этой причине при встраивании SVA в интрон гена в прямой ориентации можно ожидать преждевременной терминации генных транскриптов. Экспериментальному анализу таких случаев посвящена настоящая работа.

При помощи сервера UCSC Genome Browser были проанализированы все 864 hs-SVA. Для каждого элемента было установлено генное окружение, ориентация относительно направления транскрипции близлежащих генов, а также наличие/отсутствие сигнала полиаденилирования. В 45-ти случаях вставки hs-SVA расположены в относительной близости к точкам начала транскрипции (до 5 т.п.н.), что может оказывать влияние на экспрессию соответствующих генов. Из 351 hs-SVA, локализованных в интронах генов, оказались расположены в прямой (26 из которых лишены сигнала AATAAA) и 268 в обратной ориентациях. Полученные данные подтверждают гипотезу, согласно которой с большей вероятностью в геноме фиксируются обратноориентированные RE.

В настоящее время, используя метод ОТ-ПЦР, проверяется возможность терминации транскрипции по сигналу полиаденилирования прямоориентированных SVA на примере обнаруженного прямоориентированного hs-SVA, несущего максимальное число таких сигналов (6 шт.).

Функциональный анализ промоторной области гена Xist мыши (Mus musculus) Короткова Анна Михайловна (Новосибирск, korotkovaanna@yahoo.com) Дозовая компенсация генов, расположенных на половых хромосомах, осуществляется у высших млекопитающих за счет инактивации одной из двух Х хромосом у самок. Этот процесс контролируется особым локусом на Х хромосоме, называемым центром инактивации (Xic). Данный локус содержит ряд элементов, ответственных за подсчет, выбор будущей неактивной хромосомы и инициацию процесса инактивации. Ключевым фактором среди этих элементов является ген Xist, который экспрессируется со случайно выбранной Х хромосомы. Его продукт, длинная белок не кодирующая РНК, распространяется вдоль всей хромосомы, что приводит к гетерохроматизации и к транскрипционному молчанию расположенных на ней генов. В данной работе мы пытаемся выявить механизмы регуляции гена Xist мыши в процессе инактивации.

Регуляция гена исследовалась с помощью репортерных конструкций, основанных на векторе, содержащем ген люциферазы под контролем различных участков промоторной области Xist мыши. Активность конструкций была измерена в разных типах клеток самок мыши, как дифференцированных, так и недифференцированных. Результаты измерения активности репортерных конструкций выявили сходный профиль экспрессии для клеток разного типа и привели к обнаружению шести районов вероятного расположения энхансеров либо сайленсеров транскрипции.

Компьютерный анализ последовательности ДНК промотора Xist выявил большое количество потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов (ER, RAR, SRY и другие). Сопоставление результатов измерений активности конструкций и компьютерного анализа последовательностей показало возможное расположение участков, усиливающих либо ослабляющих экспрессию.

В высоко-консервативном (среди всех млекопитающих) районе промотора был обнаружен потенциальный транскрипционный фактор ER (estrogen receptor), который является ядерным рецептором связывания стероидного гормона эстрогена. Выдвинуто предположение, что эстроген может принимать участие в процессе инактивации Х хромосомы за счет влияния на транскрипционную активность гена Xist. Для проверки этого предположения провели измерение активности репортерных конструкций, содержащих ER сайты, в клетках, предварительно подверженных индукции эстрадиолом. Активность экспрессии оказалась почти в два раза выше на одной из конструкций. Проведенные эксперименты свидетельствуют в пользу модели влияния гормона на процесс инактивации в период развития эмбриона.

Молекулярно-цитогенетическая характеристика промежуточных пшенично-пырейных гибридов, полученных с участием пырея среднего Крупин Павел Юрьевич (Москва, pavelkroupin1985@gmail.com) Пырей средний широко используется в селекции мягкой пшеницы в качестве донора устойчивости к биотическим и абиотическим стрессорам. Эффективный метод получения пырейных интрогрессий в геном мягкой пшеницы – использование промежуточных пшенично-пырейных гибридов (ПППГ) в качестве селекционного мостика. Необходимым условием для успешной хромосомной инженерии мягкой пшеницы является молекулярноцитогенетическая характеристика ПППГ.

Целью нашей работы было установить геномную конституцию четырех ПППГ (2n=56), отличающихся комплексной устойчивостью – Истра-1, Отрастающая 38, Останкинская, Зернокормовая 169 (НЭХ Снегири, ГБС им. Цицина РАН). Для анализа применяли геномную гибридизацию in situ (GISH) с ДНК мягкой пшеницы в качестве блока и меченой ДНК пырея среднего.

Применение GISH на ПППГ показало, что геном каждого образца включает 21 пару хромосом пшеницы и 7 пар хромосом пырея. При этом было установлено три типа гибридизации меченой ДНК пырея на дополненных хромосомах пырея: 1) равномерная гибридизация вдоль всей хромосомы; 2) гибридизация на теломерных и прителомерных участках; 3) преимущественная гибридизация в прицентромерной и прителомерной области хромосом пырея. Дополненные хромосомы пырея у изучаемых форм отличались по типу гибридизации и центромерному индексу. Следовательно, различия в пырейном компоненте могут объяснять различия между ПППГ по хозяйственно-полезным признакам.

Все типы гибридизации сохранялись при различных соотношениях блок-метка, а также при использовании меченой ДНК различных образцов пырея среднего. При постановке GISH на пырее среднем (2n=42) кроме первого (14 пар хромосом) наблюдался второй (7 пар хромосом) тип гибридизации, что указывает на то, что наличие второго типа хромосом в геноме ПППГ не является следствием пшенично-пырейных транслокаций. Из литературы известно, что схожая картина наблюдается при гибридизации с ДНК Pseudoroegneria sp.

Среди изучаемых ПППГ встречались образцы с телосомиками и транслокациями.

Поскольку данные ПППГ отличаются комплексной устойчивостью и несут различные дополненные хромосомы пырея, эти перестройки могут способствовать интрогрессии полезных наследственных признаков в хромосомы пшеницы.

Работа выполнена при финансовой поддержке ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» ГК № 02.740.11.0286. Автор выражает благодарность к.б.н. Дивашуку М.Г. и к.б.н. Карлову Г.И. за научное руководство, к.б.н. Белову В.И. и к.б.н. Глуховой Л.И. за предоставленные материалы.

Исследование экспрессии гомологов генов эррантивирусов у Drosophila melanogaster Кузьмин И.В., Бурмистрова Д.А. (Москва, kuzmin.ilya@gmail.com) Ретровирусы проявляют значительное сходство с ДКП-ретротранспозонами, что указывает на их эволюционное родство. Так, мобильный элемент gypsy (МДГ4) Drosophila melanogaster относится к классу ДКП-ретротранспозонов. В то же время, способность gypsy к горизонтальному переносу позволяет считать его первым ретровирусом, обнаруженным у беспозвоночных. Важным этапом в репликативном цикле ретровирусов является интеграция их генома в геном хозяина. Ретровирусы могут заражать половые клетки хозяев, что приводит к устойчивому интегрированному состоянию провируса, который может передаваться последующим поколениям. Некоторые гены ретровирусов могут претерпевать доместикацию, в результате которой они начинают выполнять новую, полезную для хозяина, функцию. Известны доместицированные гены принимающие участие, например в развитии плаценты и защите от вирусной инфекции. Вопрос о доместицированных генах D.melanogaster мало изучен. Недавно в геноме D.melanogaster был обнаружены гены Iris и Grp (gag related protein), проявляющие гомологию с генами env и gag ретровирусов и ДКПретротранспозонов. Предполагается, что гены Iris и Grp произошли от гомологичных им генов ретровирусов или ретротранспозонов.

Транспозиционная активность gypsy находится под контролем хозяйского гена flamenco.

Для проверки гипотезы об участии генов Grp и Iris в защите от ретровирусной инфекции были исследованы четыре линии D.melanogaster: 413, 7К (SS), OregonR и 145 (MS), различающиеся по фенотипу flamenco и активности gypsy. На эмбриональной и личиночной стадиях развития экспрессия генов Grp и Iris протекает на очень низком уровне, но значительно повышается на стадии имаго. У взрослых мух ген Grp экспрессируется главным образом в кишке и незначительно в гонадах, для Iris характерна экспрессия в каркасе. Такой характер экспрессии может быть потенциально связан с участием этих генов в защите организма от вирусной инфекции. Однако различий в экспрессии между линиями, отличающимися инфекционными свойствами gypsy, не обнаружено.

Мы клонировали гены Grp и Iris в экспрессионных векторах E.coli. В прокариотической системе эти рекомбинантные белки экспрессируются в составе телец включения, что делает затруднительным получение этих белков нативными в растворимой форме. Получить белковый продукт гена Iris в растворимой форме нам пока не удалось. Однако нам удалось подобрать условия для выделения белка Grp в растворимой форме, что позволило использовать его для ИФА.

Pages:     | 1 |   ...   | 21 | 22 || 24 | 25 |   ...   | 85 |



© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.