WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

загрузка...
   Добро пожаловать!

Pages:     || 2 | 3 |

На правах рукописи

БАНИШЕВ Александр Александрович ЛАЗЕРНАЯ ФЛУОРИМЕТРИЯ АНСАМБЛЕЙ ЛОКАЛИЗОВАННЫХ ДОНОРНО-АКЦЕПТОРНЫХ ПАР (НА ПРИМЕРЕ БЕЛКОВ) Специальность: 01.04.21 - Лазерная физика

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук

М о с к в а – 2008

Работа выполнена на кафедре квантовой электроники физического факультета Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова

Научный консультант: доктор физико-математических наук, профессор Фадеев Виктор Владимирович

Официальные оппоненты: доктор физико-математических наук, профессор Саркисов Олег Михайлович доктор физико-математических наук, доцент Чикишев Андрей Юрьевич

Ведущая организация: Институт спектроскопии РАН

Защита состоится “ 22 ” мая 2008 года в часов на заседании диссертационного совета Д501.001.31 в Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова по адресу: 119991, ГСП-1, г. Москва, Ленинские горы, МГУ, ул. Академика Хохлова, д.1, корпус нелинейной оптики, аудитория им. С.А.Ахманова.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке физического факультета МГУ

Автореферат разослан “ ” апреля 2008 г.

Ученый секретарь диссертационного совета Д501.001.31 кандидат физ.-мат. наук, доцент Ильинова Т.М.

2

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность исследования Флуоресцентная спектроскопия (флуориметрия) широко используется в исследованиях сложных органических соединений (красителей, белков, фотосинтезирующих организмов, нефтяных углеводородов и т.д.). Однако традиционные (линейные) методы флуоресцентной спектроскопии обладают ограниченными информационными возможностями в анализе флуоресцирующих объектов из-за низкой избирательности (полосы флуоресценции большинства органических соединений при комнатной температуре широкие и бесструктурные), поэтому данных, получаемых этими методами, зачастую недостаточно для понимания структурной организации и диагностики сложного органического соединения (СОС). Задача диагностики СОС заметно усложняется, если макромолекула СОС содержит более одного флуорофора.

Интересным и важным для практического применения подклассом многофлуорофорных систем являются молекулярные объекты с локализованной донорно-акцепторной (ЛДА) парой – макромолекулы, содержащие единичную пару флуорофоров, между которыми возможен перенос энергии возбуждения. Объекты подобного рода играют большую роль в получении информации о внутреннем состоянии макромолекул СОС: их пространственной организации, размерах, состоянии микроокружения и т.д., а также изменении этих характеристик при различных внешних воздействиях. В частности, искусственно созданные системы, состоящие из пары красителей (меток), закрепленных на концах исследуемой молекулы СОС, лежат в основе так называемой «спектроскопической линейки», используемой для измерения расстояний в молекулах, и, как следствие, для наблюдения изменения конформаций, например, в белках, ДНК, полимерах. К объектам с ЛДА парой можно также отнести искусственно синтезированные бифлуорофорные красители.

Особый интерес представляют природные объекты, в которых ЛДА парами являются их собственные флуорофоры. В этом случае не возникает проблем, свойственных искусственно созданным донорно-акцепторным (ДА) парам: неизменность структуры исследуемой молекулы при введении меток, стабильность комплекса молекула-метка и т.д. К числу таких объектов относятся многие типы белков. Их удобно использовать в качестве модельных объектов, содержащих локализованную пару флуорофоров. Но белки представляют и самостоятельный интерес как неотъемлемые компоненты живых систем, обладающие к тому же свойством флуоресцировать, что открывает возможность использования белков в качестве индикаторов процессов в живых системах.

При анализе белковой флуоресценции ограничения традиционной флуориметрии становятся особенно ощутимыми, т.к. флуоресценция белков может зависеть сразу от несколько факторов. Более того, белковая молекула часто изначально содержит несколько флуоресцирующих (и/или поглощающих, но не флуоресцирующих) центров, а препарат белка (ансамбль молекул) представляет собой смесь нескольких, спектрально неидентичных, подансамблей молекул белка. Это приводит к тому, что получаемые традиционными флуоресцентными методами данные сложны для однозначной интерпретации и позволяют сделать, в основном, лишь качественные выводы о внутреннем состоянии объекта. Поэтому задача получения количественной информации in vivo, без каких-либо препаративных воздействий на объект, в ряде случаев не может быть решена методами классической флуориметрии.

Возможности флуоресцентного анализа СОС значительно расширяются с применением лазерных методов, которые в дополнение к традиционным параметрам, описывающим форму и положение полос флуоресценции, позволяют определять молекулярные фотофизические параметры флуорофоров (время жизни, сечение поглощения, скорость межмолекулярного переноса энергии и др.) в условиях дефицита априорной информации, обязательной в классических методах. Эти параметры могут быть использованы в качестве диагностических признаков.

Разработка новых эффективных подходов к исследованию свойств многофлуорофорных объектов и методов их диагностики в условиях окружающей среды является актуальной фундаментальной и прикладной задачей. Разрабатываемые применительно к белкам инструменты необходимы в различных биологических и медицинских исследованиях и в перспективе, по-видимому, могут найти свои применения в практической медицине.

Цель работы Целью работы является развитие новых подходов, которые открываются с применением к природным ансамблям с ЛДА парами лазерной флуориметрии – нелинейной флуориметрии (флуориметрии насыщения) и кинетической флуориметрии в нано- и субнаносекундном диапазонах.

В качестве объектов исследования были выбраны: белок бычий сывороточный альбумин (БСА), в каждой из молекул которого содержится пара природных флуорофоров – триптофановых остатков, и флуоресцентный белок mRFP1 (monomeric Red Fluorescent Protein), в ансамбле молекул которого присутствуют три подансамбля ЛДА пар. Предварительно методами лазерной флуориметрии были исследованы однофлуорофорные природные объекты:

триптофан в воде и белок сывороточный альбумин человека ((САЧ) каждая молекула которого содержит один триптофановый остаток).

В диссертационной работе были поставлены следующие задачи:

1. Построить модель, описывающую флуоресцентный отклик ансамблей ЛДА пар при их импульсном лазерном возбуждении.

2. Разработать основанный на совместном применении нелинейной и кинетической флуориметрии метод определения фотофизических параметров флуорофоров в ЛДА парах.

3. Апробировать методы лазерной флуориметрии на однофлуорофорных объектах и получить фотофизические параметры их флуорофоров.

4. Провести экспериментальную проверку построенной модели и разработанного метода на примере природного моноансамбля с ЛДА парой (двухтриптофановом белке – БСА): получить кривые насыщения и кинетики флуоресценции, определить из них индивидуальные фотофизические параметры донора, акцептора и скорости переноса энергии между ними (с возбужденной молекулы донора как на невозбужденную, так и на возбужденную молекулу акцептора).

5. Провести экспериментальную проверку построенной модели и разработанного метода на примере природного объекта (флуоресцентного белка), ансамбль молекул которого является совокупностью нескольких (трех) подансамблей с ЛДА парой: получить кривые насыщения флуоресценции, определить долю каждого подансамбля в общем ансамбле, определить индивидуальные фотофизические параметры донора, акцептора и скорости переноса энергии в локализованной паре для каждого подансамбля.

Научная новизна работы Предложена модель фотофизических процессов в молекулярных объектах с ЛДА парой, адекватно описывающая флуоресцентный отклик флуорофоров при возбуждении импульсами лазерного излучения. Введено понятие коллективных состояний ЛДА пары. Предложена модель, описывающая кинетику населенностей этих состояний и позволяющая рассчитать кривые насыщения и кинетики флуоресценции ансамбля ЛДА пар.

Впервые совместно реализуемыми на одном лазерном спектрометре методами наносекундной кинетической и нелинейной флуориметрии определены значения индивидуальных фотофизических параметров флуорофоров белков mRFP1, бычьего сывороточного альбумина и сывороточного альбумина человека. Для первых двух, на основе предложенной модели, впервые определена константа переноса энергии между флуорофорами. Для mRFP1 определены парциальные концентрации посттрансляционных форм белка.

Научная и практическая значимость Предложенная методика определения фотофизических параметров, в частности, скорости переноса энергии в природных системах с ЛДА парами открывает новые возможности использования их в качестве сенсоров в живых организмах. Определение индивидуальных фотофизических параметров молекул каждого из подансамблей флуоресцентных белков может быть применено для контроля свойств получаемых флуоресцентных белков.

Развитый подход, основанный на измерении фотофизических параметров флуорофоров белков in vivo, может применяться для изучения процессов в живых системах, а значения фотофизических параметров, полученные для конкретных объектов, использованных в работе – для диагностики конкретных биологических систем, содержащих эти белки.

Положения, выносимые на защиту 1. Совместное применение наносекундной кинетической и нелинейной лазерной флуориметрии позволяет одновременно определять значения всех основных фотофизических параметров молекул триптофана в воде (сечения поглощения в основном и возбужденном синглетном состояниях; время жизни возбужденного состояния; сумма скоростей интеркомбинационной конверсии и спонтанной ионизации из возбужденного синглетного состояния) и триптофана в однофлуорофорном белке сывороточный альбумин человека (сечение поглощения; время жизни возбужденного состояния; скорость интеркомбинационной конверсии).

2. Разработанная модель коллективных состояний локализованной донорноакцепторной (ЛДА) пары позволяет описать флуоресцентный отклик ансамбля ЛДА пар при лазерном возбуждении.

3. Разработанным методом, использующим нелинейную и кинетическую лазерную флуориметрию, по предложенной модели коллективных состояний ЛДА пары, могут быть определены значения индивидуальных фотофизических параметров ее флуорофоров, в частности, значения фотофизических параметров (сечения поглощения и времена жизни донора и акцептора пары; скорость переноса энергии с возбужденного донора на невозбужденный и возбужденный акцептор) флуорофоров белков mRFP1 и бычий сывороточный альбумин, которые являются представителями природных объектов с ЛДА парой. Для белка mRFPможет быть определена доля молекул каждого подансамбля в общей смеси трех типов ЛДА пар.

Апробация работы и публикации Результаты работы докладывались на следующих конференциях:

IV Всероссийская конференция “Физические проблемы экологии (Экологическая физика)” (Москва, июнь, 2004); Международная конференция “Opto-Ireland 2005” (Дублин, апрель, 2005); IV Международная конференция молодых ученых и специалистов “Оптика-2005” (Санкт-Питербург, октябрь, 2005); II Троицкая конференция. Медицинская физика и инновации в медицине (Троицк, май, 2006); Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых “Ломоносов-2006” (Москва, апрель, 2006);

Международная конференция “Lasers, Applications and Technologies (LAT 2007)” (Минск, май-июнь, 2007); Международная конференция “Laser Applications in Life Sciences (LALS 2007)” (Москва, июнь, 2007).

По теме диссертации опубликовано 14 печатных работ, в том числе статей, 4 из которых опубликованы в журналах, рекомендованных ВАК России, и 6 тезисов докладов на конференциях. Список работ приведен в конце автореферата.

Структура и объем диссертации Диссертационная работа состоит из введения, трех глав, заключения и списка литературы. Объем диссертации 125 страниц, в том числе 49 рисунков, 6 таблиц. Список литературы включает 130 наименований.

Личный вклад автора Все результаты в диссертации получены автором лично, либо при его определяющем участии.

Исследования возможностей применения разработанных методов в биотехнологии флуоресцентных белков выполнены совместно с П.В.Вржещем и Е.П.Вржещем, представляющими Международный биотехнологический центр МГУ им. М.В. Ломоносова.

СОДЕРЖАНИЕ ДИССЕРТАЦИИ Во введении обосновывается актуальность темы диссертации, формулируются цель и задачи исследований, приводятся положения, выносимые на защиту, кратко излагается содержание диссертации.

В первой главе дан анализ литературы, посвящённой применению флуоресцентной спектроскопии для исследования и диагностики ансамблей ЛДА пар. Особое внимание уделено флуориметрии белков как, по-видимому, наиболее интересного и важного в практическом плане представителя такого рода систем. По этой причине в обзор включена информация и о структуре белков, макромолекулы которых содержат ЛДА пары и которые выбраны в работе в качестве объектов.

В разделе 1.1 описываются основные типы (искусственно созданные и природные), свойства и области применения объектов, содержащих ЛДА пару.

В п.п. 1.1.1, 1.1.2 приводятся примеры объектов с ЛДА парой (п. 1.1.1), рассматриваются примеры изучения структурной организации органических соединений с использованием искусственных ЛДА пар, отмечаются основные трудности, которые возникают при этом (п. 1.1.2).

В п. 1.1.3 анализируются перспективы использования природных систем с ЛДА парой на основе белков как индикаторов процессов в живых системах.

В разделе 1.2 представлены общие сведения о собственной флуоресценции белков. Даны сведения о флуоресцентных свойствах и структуре белков сывороточный альбумин человека (САЧ) и бычий сывороточный альбумин (БСА).

В п. 1.2.1 рассмотрены основные спектральные свойства природных флуорофоров белков (аминокислот триптофан, тирозин и фенилаланин) в водном растворе и в структуре белковой матрицы. Особое внимание уделено параметрам триптофановой флуоресценции как наиболее информативной при изучении свойств белковых молекул методами флуориметрии.

В п. 1.2.2 даны сведения о строении белков САЧ и БСА. Представлена модель трехмерной структуры молекулы этих белков (модель “сердца”).

Pages:     || 2 | 3 |






© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»