WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

загрузка...
   Добро пожаловать!

Pages:     | 1 |   ...   | 3 | 4 ||

Установлено, что большинство штаммов C. burnetii, выделенных в период с 1952 по 1987 год на территории различных регионов России из различных источников принадлежат к генотипу ST23 (монофилетическая группа II), к которому наиболее близки генотипы штаммов европейского происхождения - ST18, ST22, ST23, ST25 и ST29. Штаммы Ленинград-2 и Ленинград-4, выделенные в СССР от больных во время вспышек Ку-лихорадки в 50-х г.г. на предприятиях по переработке сырья животного происхождения, обладают уникальным для российской популяции генотипом ST7 (монофилетическая группа I).

Сравнительный анализ последовательностей спейсеров выявил значительную степень различий между генотипами, входящими в разные монофилетические группы (рис, 2, табл. 5). Так, различия между сиквенсами SТ7 (монофилетическая группа I) и SТ23 (монофилетическая группа II) российских штаммов наблюдались во всех десяти спейсерах, причем степень различий их объединенных последовательностей составляла 1,72% (суммарно 83 из 4826 нуклеотидов).

Рисунок 3. Различия последовательности межгенного промежутка (сох) 18 у генотипов ST7, ST22, ST23, ST24

Например, последовательности 18-го спейсера российских штаммов SТ7 и SТ23 существенно различались между собой (5,23%). При этом последовательности данного спейсера были идентичны в пределах одной монофилетической группы (II), у SТ22, SТ23 и ST24 (штаммы выделены на территориях различных стран) (рис. 3).

Вместе с тем, генотипы SТ22 и SТ23 незначительно (1 нуклеотид - 0,02 %) различались, но лишь по одному из 10 межгенных участков – 61 (на рис. 3 не показано).

Отличие большинства российских штаммов C. burnetii, генотип ST23, от штаммов Ленинград-2 и Ленинград-4 (ST7), по-видимому, свидетельствует об импорте последних из географически отдаленного источника с зараженным сырьем.

В целом, для России характерна относительная генетическая однородность популяции C. burnetii (большинство штаммов принадлежат ST23) по сравнению с популяциями других стран. Так, у 11 штаммов из Германии выявлено 7 генотипов, у 4 штаммов из Словакии - 4 генотипа. Свойство относительной генетической однородности (присущее российским штаммам) проявляют только штаммы, выделенные на территории Канады (7 штаммов - генотип ST 21) и Японии (5 штаммов генотипа ST16). Генетическое разнообразие штаммов, выделенных на территориях Германии, Испании, Италии, Словакии, ограничивается пределами одной монофилетической группы. Штаммы, выделенные на территории Франции, США, распределяются по разным монофилетическим группам. Эти особенности, по-видимому, обусловлены миграциями людей, перемещениями зараженных сельскохозяйственных животных, сырья животного и растительного происхождения (хлопок) (Токаревич К.Н., Васильева Л.Д., 1958; Raoult D., 2003; Marmion B.P. et al., 2004).

Дополнительные генотипические характеристики мировой коллекции штаммов C. burnetii были получены с помощью анализа последовательностей генов djlA и com1 и плазмидного профиля. Сравнение последовательности генов djlA позволило выделить 4 группы штаммов. Группа I включала все ST-типы, включенные в монофилетическую группу 2 согласно мультиспейсер-типированию. Группа II включала ST1, ST2, ST3 и ST4. Группа III включала ST5, ST6, ST7, ST30, ST26, ST28, ST8, ST9 и ST10. Группа IV представлена ST21. Сравнение последовательности гена сom1 позволило выделить аналогичные группы, а также две дополнительных. Исследование плазмидного профиля позволило идентифицировать четыре типа плазмид: QpH1, QpRS, QpDV и QpDG, и выделить группу бесплазмидных изолятов. Распределение типов плазмид согласуется с распределением штаммов по монофилетическим группам. Группа 2 включает штаммы, содержащие плазмиду QpH1. Группа 3 включает штаммы с типом плазмид QpH1 и бесплазмидные. Группа 1 включает штаммы, для которых характерно наличие плазмид QpRS и QpDV.

Результаты этих исследований, таким образом, не противоречили результатам мультиспейсертипирования и также позволяли сгруппировать штаммы. Однако анализ множественных межгенных участков, оказался наболее информативным для дифференциации штаммов различного географического происхождения.

Выводы

  1. Сконструированный набор праймеров, позволяющий амплифицировать фрагмент гена groEL C. burnetii, эффективен для выявления методом ПЦР возбудителя Ку-лихорадки в биологическом материале.
  2. Метод ПЦР-РВ в модификации TaqMan с использованием праймеров icd и сконструированного зонда детекции, меченного флуоресцеином, эффективен для выявления и количественного определения C. burnetii в биологическом материале и мониторинга природных очагов Ку-лихорадки.
  3. Популяции C. burnetii на территории России свойственна относительная генетическая однородность. Подавляющее большинство штаммов (85%) C. burnetii, выделенных в различных регионах России, принадлежит к генотипу ST23 (монофилетическая группа II). К этой группе штаммов филогенетически наиболее близки штаммы европейского происхождения (генотипы ST18, ST22, ST25 и ST29). Штаммы Ленинград-2 и Ленинград-4 обладают уникальным для российской популяции генотипом ST7 (монофилетическая группа I).
  4. Метод мультиспейсер-типирования позволяет дифференцировать штаммы C. burnetii различного географического происхождения в целях изучения глобальной эпидемиологии Ку-лихорадки. Однозначность интерпретации результатов секвенирования и их доступность в сети Интернет, позволяет сравнивать результаты генотипирования штаммов C. burnetii, полученные в различных лабораториях без обмена опасным биологическим материалом.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

  1. Freylikhman O., Tokarevich N., Suvorov A., Vorobiova E., Totolian A. Coxiella burnetii persistence in three generations of mice after application of live attenuated human M-44 vaccine against Q fever. // Ann. N. Y. Acad. Sci. - Vol. 990. – 2003. P.496-500
  2. O. Glazunova, V. Roux, O. Freylikman, Z. Sekeyova, N. Tokarevich, G. Fournous, J. Tyczka, T. J. Marrie, and D. Raoult. Coxiella burnetii genotyping. // Emerging Infectious Diseases. - 2005. – V. 11, №8. - P. 1211-1217.
  3. N. Tokarevich, O. Freylikhman, N. Titova, I. Zheltakova, N. Rybakova, E. Vorobeychikov. Anthropogenic effects on changing of Q-fever epidemiology in Russia. // Ann. N.Y. Acad. Sci. - 2006. – V. 1078.– P. 120-123
  4. Фрейлихман О.А., Панфёрова Ю.А., Токаревич Н.К. Результаты испытания новых праймеров для детекции Coxiella burnetii в организме диких мелких млекопитающих. // 5-я межд. конф. “Идеи Пастера в борьбе с инфекциями”: Тез. докл. 2-4 июня 2008. – Санкт-Петербург, 2008. - с. 104
  5. Фрейлихман О.А., Панфёрова Ю.А., Токаревич Н.К. Изучение гетерогенности штаммов Coxiella burnetii методом анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов гена groEL. Бюлл. экспер. биол. и мед. №9. – 2008. с. 56-59
  6. Фрейлихман О.А. Мультиспейсер-типирование (МСТ) – эффективный метод эпидемиологического надзора за Ку-лихорадкой. // Научно-практическая конференция научно-исследовательских учреждений Роспотребнадзора «Биологическая безопасность в современном мире»: Тез. докл. 21-22 апреля 2009. – Оболенск, 2009. – с. 76-78

1 амплифицируют фрагмент гена белка теплового шока dnaJ

2 амплифицируют фрагмент гена транспозазы, входящего в состав инсерционного домена высокой копийности IS1111

3 амплифицируют 56-ой межгенный участок хромосомной ДНК C. burnetii, расположенный между геном, кодирующим синтез OmpA-подобного трансмембранного протеина, и консервативным геном с неустановленной функцией

Pages:     | 1 |   ...   | 3 | 4 ||






© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»