WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

загрузка...
   Добро пожаловать!

Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |

На правах рукописи

УДК 597.553.2:575

Хрусталева

Анастасия Михайловна

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ НЕРКИ

(ОNCORHYNCHUS NERKA) АЗИАТСКИХ СТАД

Специальность 03.00.10 – ихтиология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени

кандидата биологических наук

Москва - 2007

Работа выполнена во Всероссийском научно-исследовательском институте рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО)

Научный руководитель:

доктор биологических наук

Кловач Наталия Владимировна,

Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО), г. Москва

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук

Кляшторин Леонид Борисович,

Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО), г. Москва

кандидат биологических наук

Шубина Елена Александровна,

Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ, г. Москва

Ведущая организация:

Дмитровский филиал Астраханского государственного технического университета (ДФ ФГОУ ВПО «АГТУ»)

Защита состоится 26 октября 2007 г. в 11 часов на заседании диссертационного совета Д 307.004.01 при Всероссийском научно-исследовательском институте рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО) по адресу: 107140, Москва, ул. Верхняя Красносельская, д.17.

Факс 8-499-264-91-87, электронный адрес sedova@vniro.ru

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ВНИРО.

Автореферат разослан « 21 » сентября 2007 г.

Ученый секретарь

диссертационного совета,

кандидат биологических наук М.А.Седова

Актуальность темы. Нерка Oncorhynchus nerka (Walbaum) – анадромный моноцикличный вид с длительным пресноводным периодом жизни, представленный в пределах ареала множеством популяций различного иерархического уровня (Берг, 1948; Foerster, 1968; Коновалов, 1980; Крогиус, 1983; Burgner, 1991; Бугаев, 1995). В связи с высокой экологической пластичностью, морфологической и генетической изменчивостью, сложной внутривидовой и внутрипопуляционной организацией, характерной для данного вида, задача дифференциации стад нерки имеет большое научное и практическое значение. Этому вопросу посвящено множество работ, использующих различные методологические подходы, само многообразие которых свидетельствует о сложности данной проблемы.

В целом, методы, используемые в решении подобного рода задач, могут быть разделены на две группы: классические ихтиологические (мечение, морфологические маркеры, паразиты-индикаторы) и генетические. К настоящему моменту накоплены обширные сведения о распространении американских и азиатских стад нерки, основанные на результатах многолетнего мечения (Myers et al., 1996.), паразитологических (Коновалов, 1971; Margolis, 1963; Бирман, 2004; Beacham et al., 1998) и морфологических (Bugaev, 2003; Бугаев, 2003а, 2003б, 2003в) данных.

Однако далеко не всегда с помощью биологических маркеров удается определить принадлежность нерки к американским или азиатским стадам, не говоря уже о принадлежности к популяциям более низкого ранга (Бугаев, 2003а). В ряде случаев малоэффективными оказываются и методы биохимической генетики, что связано с низкой аллозимной изменчивостью, свойственной данному виду (Varnavskaya, 1994а; Варнавская, 2006). Поэтому в последние годы в России, США и Канаде наряду с изучением белкового полиморфизма в популяциях нерки активно проводятся молекулярно-генетические исследования (Bickham et al., 1995; Taylor et al., 1996; Брыков и др., 2003; Beacham et al., 1995, 2005а, 2006а; Corley-Smith et al., 2005). Сегодня уже существует обширный генетический банк данных по нерке Азии и Северной Америки. Однако до настоящего времени молекулярно-генетическими исследованиями не были охвачены стада нерки материкового побережья Охотского моря и Курильских островов. Вместе с тем изучение генетической изменчивости нерки на всем ареале является важным условием для понимания закономерностей эволюции и формирования представлений о популяционной структуре вида в целом.

Поскольку каждый из используемых в настоящее время методов оперирует данными, отражающими различные аспекты одного и того же феномена – существования внутри вида в той или иной степени обособленных, сложным образом взаимодействующих локальных группировок – целостное представление о популяционной организации может быть составлено только на основе обобщения информации, поставляемой различными методами (Begg, Waldman, 1999). В этой связи комплексный подход к проблеме дифференциации стад нерки, основанный на использовании биологических и молекулярно-генетических маркеров представляется наиболее перспективным.

Наконец, для корректной интерпретации результатов молекулярно-генетических исследований необходимо выполнение как минимум двух условий: 1) тщательный подбор ДНК-маркеров и 2) изучение межгодовой и сезонной изменчивости аллельных частот полиморфных локусов ДНК с целью ее исключения на этапе суждения о популяционной принадлежности особей. Такой комплекс исследований азиатской нерки ранее не проводился.

В свете изложенного целью исследования было выявление генетической дифференциации популяций нерки азиатского побережья Тихого океана и разработка метода определения популяционной принадлежности особей.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

  1. Определить эффективность использования различных типов маркеров для дифференциации популяций и определения популяционной принадлежности на примере нерки западной Камчатки и отобрать наиболее репрезентативные молекулярные маркеры ядерной ДНК для популяционно-генетических исследований азиатской нерки.
  2. Оценить соотношение межгодовой (на уровне смежных поколений и подходов), сезонной (на уровне сезонных рас) и межпопуляционной компонент генетической изменчивости нерки азиатских стад.
  3. Изучить размерно-возрастную структуру и генетическую изменчивость в популяциях азиатской нерки крупнейших озерно-речных систем западной и восточной Камчатки, Чукотки, северо-западного побережья Охотского моря и северных Курильских островов.
  4. Разработать комплексный подход к дифференциации стад азиатской нерки с использованием биологических и молекулярно-генетических маркеров.
  5. Оценить эффективность отобранных маркеров для индивидуальной идентификации и определения популяционной принадлежности нерки из смешанных морских уловов.

Научная новизна. Впервые проведено сравнительное исследование полиморфизма ядерной ДНК нерки трех крупнейших популяций западной Камчатки с использованием трех типов молекулярно-генетических маркеров: RAPD-маркеров, микросателлитных локусов ДНК и SNP-маркеров. Для популяционно-генетических исследований азиатской нерки были отобраны 6 высокополиморфных микросателлитных локусов, не использовавшихся ранее в качестве генетических маркеров нерки российских стад. Впервые проведено исследование межгодовой изменчивости аллельных частот микросателлитных локусов ДНК в смежных поколениях и подходах азиатской нерки (р. Большая, западная Камчатка).

Впервые методами молекулярно-генетического анализа исследованы локальные популяции нерки северо-западного побережья Охотского моря (р. Охота) и северных Курильских островов (о. Шумшу, озерно-речная система Беттобу). Сформулирована гипотеза о заселении Северных Курильских островов неркой из южных рефугиумов (районы к югу от п-ва Камчатка) после отступления позднеплейстоценового оледенения, что обусловливает ее генетические отличия от нерки более северных регионов. Разработан комплексный подход к дифференциации нерки азиатских стад с использованием биологических и молекулярно-генетических маркеров.

Практическая значимость работы. Создан низкотемпературный криобанк образцов ткани нерки крупнейших азиатских популяций, пополнена база данных Российской национальной коллекции эталонных генетических материалов (РНКЭГМ ВНИРО). На II часть РНКЭГМ (Лососевые виды рыб) получено свидетельство об официальной регистрации базы данных в Федеральной службе России по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам за № 2006620352 от 3.11.2006.

Создана реперная база генетических данных, включающая аллельные частоты по 6 микросателлитным локусам, практически для всей азиатской части ареала исследуемого вида и разработана методика определения популяционной принадлежности особей нерки.

Результаты представленной работы могут использоваться для идентификации происхождения нерки, пойманной у восточного побережья Камчатки, при проведении мониторинговых работ в период преднерестовых миграций с целью оценки доли рыб западной Камчатки, р. Камчатка и беринговоморского побережья Камчатки. Это позволяет за 2-4 недели до подходов в районы прибрежного промысла оперативно корректировать прогнозы сроков и численности подходов нерки к районам воспроизводства.

Положения, выносимые на защиту.

  1. Для дифференциации стад и определения популяционной принадлежности нерки азиатского побережья Тихого океана наиболее эффективными являются микросателлитные ДНК-маркеры.
  2. Межпопуляционная генетическая изменчивость нерки Камчатки соответственно в 7-15 раз превышает межгодовую, и в 4 раза - сезонную изменчивость.
  3. Послеледниковое расселение нерки из перигляциальных рефугиумов послужило основой ее пространственной генетической дифференциации.
  4. Комплексный подход к дифференциации стад азиатской нерки с использованием молекулярно-генетических и биологических маркеров представляется наиболее перспективным в изучении внутривидовой структуры нерки Азии.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на Международной конференции "Инновации в науке и образовании – 2004" (Калининград, 2004 г.), 13 сессии NPAFC (Чеджю, Республика Корея, 2005 г.), конференции молодых ученых "Экология в меняющемся мире" ИЭРиЖ УрО РАН (Екатеринбург, 2006 г.), Международной конференции "Применение генотипирования SNP в рабопромысловых исследованиях" (Гринвуд, США, 2006 г.), 15-ом ежегодном совещании PICES (Йокогама, Япония, 2006 г.), Международной конференции "Сохранение биоразнообразия Камчатки и прилегающих морей" (Петропавловск-Камчатский, 2006 г.), Международном конгрессе студентов, аспирантов и молодых ученых "Перспектива-2007" (Нальчик, 2007 г.), Международной конференции молодых ученых P/ICES "Новые рубежи в морской науке" (Балтимор, США, 2007 г.), конференции "Современные проблемы физиологии и биохимии водных организмов" (Петрозаводск, 2007 г.), а также на коллоквиумах и Ученых советах ВНИРО.

Публикации. По результатам исследований опубликовано 12 работ, в том числе 1 статья в журнале, рекомендованном ВАК.

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, 5 глав, выводов и списка литературы из 370 наименований, содержит 39 рисунков и 37 таблиц. Общий объем работы - 233 страницы.

Благодарности. Автор выражает искреннюю благодарность коллегам из ВНИРО, КамчатНИРО, Чукотского и Хабаровского отделений ТИНРО, принявшим участие в организации полевых работ и сборе материала; заведующей лаборатории экологии рыб, д.б.н. Е.Н. Кузнецовой за содействие в организации сбора и обработки материала, сотрудникам сектора молекулярной генетики ВНИРО А.А. Волкову, к.б.н. Д.А. Зелениной, В.А. Барминцеву, А.Е. Барминцевой, Д.С. Стоклицкой, к.б.н. Н.С. Мюге за помощь в обработке материала, предоставление и освоение методик.

Особую признательность автор выражает своему научному руководителю д.б.н. Н.В. Кловач за организацию работы на всех ее этапах, ценные рекомендации и замечания по тексту рукописи.

Глава 1. Сравнительная характеристика методов дифференциации стад нерки

В главе рассматриваются особенности распространения и биологии нерки, приводятся различные взгляды на популяционную организацию данного вида, обсуждаются основные методы дифференциации стад тихоокеанских лососей. Подробно рассмотрены современные методики молекулярно-генетического анализа, их достоинства и недостатки, на основании чего предложены методы, используемые в данной работе.

Глава 2. Материалы и методы

2.1. Основные сведения о собранном и обработанном материале

Материалом послужили данные биоанализа, образцы чешуи и пробы ткани нерки, собранные в 2003-2005 гг. в устьях рек западной и восточной Камчатки, материкового побережья Охотского моря, водоемах Чукотки и северных Курильских островов (Табл. 1).

Таблица. 1. Объем собранного и обработанного материала

Популяция

Обозна-чение

Дата сбора

Количество собранных и обработанных проб

Био-ана-лиз

Опре-деле-ние воз-раста

Вы-деле-ние ДНК

Элек-тро-форез

Чукотка, Мейныпильгынская озерно-речная система, оз. Ваамочка

Ch

28 июля

2004 г.

50

50

50

50

Восточная Камчатка, р. Пахача

Pages:     || 2 | 3 | 4 | 5 |






© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»