WWW.DISSERS.RU

БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА

загрузка...
   Добро пожаловать!

Pages:     | 1 |   ...   | 2 | 3 ||

Из Таблицы 5 видно, что в базе данных EPD было найдено 78 генов человека, потенциально индуцируемых интерферонами. Для 60 из этих генов индукция интерферонами ранее не изучалась. Еще для 18 генов имеются различные экспериментальные подтверждения усиления транскрипции под действием интерферонов. Экстраполируя эти данные на полный геном, получаем, что в геноме человека должно содержаться не менее 3000 ИИГ. Эта цифра не противоречит результатам микрочипового анализа и другим литературным данным.

Выводы

  1. Разработана компьютерная система GeneNet, предназначенная для реконструкции генных сетей про- и эукариот на основе аннотации экспериментальных данных из научных публикаций, а также для автоматической визуализации и анализа структурно-функциональной организации генных сетей.
  2. С использованием системы GeneNet впервые реконструированы генные сети интерфероновой индукции у млекопитающих. С помощью компьютерного анализа этих генных сетей показано преобладание регуляторных контуров с положительными обратными связями (88) над регуляторными контурами с отрицательными обратными связями (14).
  3. Анализ графа генной сети показал, что ключевыми регуляторами интерфероновой индукции у млекопитающих являются транскрипционные факторы ISGF3, IRF1, STAT1, NF-B, AP1.
  4. Показано, что для сайтов связывания транскрипционных факторов IRF1, ISGF3, STAT1, NF-B характерна повышенная плотность в районе [-200; +1] относительно старта транскрипции интерферон-индуцируемых генов.
  5. Для промоторов интерферон-индуцируемых генов выявлены специфические закономерности в расположении относительно старта транскрипции одиночных сайтов связывания пяти транскрипционных факторов и пар сайтов десяти транскрипционных факторов.
  6. На основе обнаруженных закономерностей разработаны методы распознавания промоторов и энхансеров интерферон-индуцируемых генов. Значения функций распознавания коррелируют с уровнем индукции интерферон-индуцируемых генов, определенной с помощью микрочипового анализа.
  7. С помощью созданных методов распознавания промоторов интерферон-индуцируемых генов проанализированы последовательности из базы данных EPD. В результате предсказано 60 новых генов человека с высоким потенциалом индукции интерферонами. Аппроксимация данных, полученных при анализе EPD, на полный геном показывает, что общее число интерферон-индуцируемых генов человека превышает 3000.

Список публикаций по теме диссертации в рецензируемых изданиях

  1. Ананько Е.А., Бажан С.И., Белова О.У., Кель А.Э. Механизмы регуляции транскрипции интерферон-индуцируемых генов: описание в информационной системе IIG-TRRD. // Молек. Биол. 1997. 31. С. 701-713.
  2. Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., Kolchanov N.A. GeneNet: a database for gene networks and its automated visualization. // Bioinformatics. 1998. 14(6). P. 529-537.
  3. Ананько Е.А., Колпаков Ф.А., Колесов Г.Б., Колчанов Н.А. Автоматическая генерация схем генных сетей на основе их формализованного описания в базе данных GeneNet. // БИОФИЗИКА. 1999. 44(4). С. 628-631.
  4. Kolpakov F.A., Ananko E.A. Interactive data input into the GeneNet database. // Bioinformatics. 1999. 15(78). P. 713-714.
  5. Колчанов Н.А., Ананько Е.А., Колпаков Ф.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Горячковская Т.Н., Степаненко И.Л. Генные сети. // Молек. Биол. 2000. 34(4). С. 533-544.
  6. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. GeneNet: a database on structure and functional organisation of gene networks. // Nucleic Acids Res. 2002. 30(1). P. 398-401.
  7. Kolchanov N.A., Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodny N.L., Ratushny A.V., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G. GeneNet database: Description and Modeling of Gene Networks. // In Silico Biology. 2002. 2. P. 97-110.
  8. Kolchanov N.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ratushny A.V., Matushkin Yu.G. Gene Networks Description and Modeling in the GeneNet System. // In: Gene Regulation and Metabolism. Postgenomic Computational Approaches. Ed. by J. Collado-Vides and R. Hofestadt. MIT Press. Cambridge. London. 2002. P. 149-179.
  9. Ananko E.A., Loktev K.A., Podkolodny N.L. Development and analysis of models of genetic and metabolic networks and signal transduction pathways in the genenet system. // In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt. Kluwer AcademicPublishers, Boston/Dordrecht/London. 2004. P. 265-272.
  10. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Milanesi L., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Mathematical simulation of dynamics of macrophage gene network activated by lipopolysaccharides and/or interferon-gamma. // In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt. Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London. 2004. P. 283-292.
  11. Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Rasskazov D.A., Miginsky D.S., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Podkolodnaya N.N., Kolchanov N.A. GeneNet in 2005 // Nucleic Acids Res. 2005. 33. P. D425-D427.
  12. Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A. Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers. // BMC Bioinformatics. 2007. 8. P.56.
Pages:     | 1 |   ...   | 2 | 3 ||






© 2011 www.dissers.ru - «Бесплатная электронная библиотека»